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No obstante, es necesario decir que nuestra labor se vio dificultada por la destrucción y/o remoción de la profusa documentación que registró minuciosamente la situación de las personas desaparecidas, por lo que debió apelarse a informes de algunos institutos y organismos militares y de seguridad acerca de directivas, organigramas, órdenes y nombres de miembros de esas fuerzas de seguridad que por su rol protagónico en las actividades represivas podrían haber aportado elementos de insustituible valor probatorio.
Se libraron la cantidad aproximada de 1.300 oficios, que puede desglosarse de la siguiente forma:
| Ministerio de Defensa | 280 |
| Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto | 30 |
| Ministerio del Interior | 60 |
| Policía Federal | 100 |
| Policías Provinciales | 100 |
| Servicio Penitenciario Federal | 70 |
| Gobernación de la Provincia de Buenos Aires | 10 |
| Juzgados Nacionales y Provinciales | 290 |
| Registro Nacional de las Personas y de las Propiedades Inmueble y Automotor | 80 |
| Organismos varios (oficiales y particulares) | 280 |
| TOTALES | 1.300 |
Por razones burocráticas y otras que desconocemos, muchos de estos requerimientos quedaron sin respuesta, al no contestarse satisfactoriamente todos los respectivos pedidos de informes cursados por la Comisión a organismos dependientes de las fuerzas armadas. Esta falta de colaboración se evidenció también en la actitud de unos pocos Jueces de Capital y otros de Provincia que nos devolvieron las notas que se les remitían negándonos entidad, representatividad o personería.
Con respecto a ciertos organismos administrativos y de seguridad se debió recurrir hasta la instancia del Sr. Presidente de la República para que aquellos organismos respondieran a la brevedad, lo mismo que para que se dejara sin efecto la disposición que servía a los integrantes de las Fuerzas Armadas para negarse a responder a nuestras preguntas so pretexto de «secreto militar» (Decreto N° 2107/84).
Aunque indudablemente el trabajo de esta Comisión pueda no conformar las expectativas de todos, somos conscientes que se hizo cuanto concernía a la responsabilidad contraída de dar cauce a esta experiencia única y con pocos precedentes -si los hay- en otras partes del mundo. En pocos meses el personal de la CONADEP procesó un volumen tal de datos y de fojas, que a no ser por el espíritu que lo alentaba hubiera requerido años hacerlo. Basta recorrer la lista de envios a la justicia para advertirlo.
